江西省胸科医院始建于1950年，是由江西省结核病防治所、江西省肺科医院转型发展而来（1992年增挂“江西省肺科医院”牌子，实行两块牌子一套人员；2004年2月更名为“江西省胸科医院”，同年9月增挂“江西省第三人民医院”牌子）；是全省唯一一所集医疗、预防、教学、科研为一体的以治疗胸部疾病为主的“三级甲等”专科医院。是南昌大学医学院和江西中医药大学的教学医院和研究生培养定点医院。

医院还承担了全省结核病及其他传染病的定点收治任务，是江西省突发公共卫生事件医疗救治中心；承担了全省社区卫生技术工作的指导、培训任务，为江西省社区卫生技术指导中心。2014年2月11日，经省卫生厅批准获得尘肺病诊断机构资格，成为江西省唯一获得该资质的三级甲等医院。

医院于2020年6月份被确立为江西省感染性疾病临床研究中心；2020年9月确立为国家感染性疾病临床中心江西分中心；2021年3月获批江西省结核病专业质量控制中心。 2021年8月江西省卫健委批复我院为南昌医学院直属第三附属医院。

2020年9月份正式获批为江西省公共卫生临床中心。按照“医防一体、平战结合、防治融合”的原则，“平时”承担全省感染性疾病诊疗、患者症状监测、疾病防治管理与健康宣教、公共卫生与应急管理、医疗物资储备、教育培训等公益事业职能；“战时”转化为重大疫情防控救治基地，担负全省公共卫生事件应急救治职能。

2021年8月获批南昌医学院第三附属医院，促进医教研全方位发展。

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