南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，国家三级甲等眼科医院，国家重点临床建设专科单位，国家药物临床试验机构（GCP）,核定床位120张，已开放床位120张，可开放床位164张以上，面积12000多平方米，职工200多人，是一所具有一定影响力的现代眼科专科医院。

医院隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、的非营利性眼科医院，是江苏省公费医疗、新农合、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，是江苏医保和新农合省级转诊定点医院。为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，南京医科大学博士生培养点，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学（眼视光学）校级重点学科。2012年8月27日，医院被评为国家临床重点专科建设项目单位。

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